Direcția Inovare și Cooperare gestionează implementarea proiectelor finanțate din fonduri externe rambursabile și nerambursabile din domeniile cercetării/dezvoltării/inovării, tehnologiei informației, educației, sănătății și incluziunii sociale și coordonează derularea relațiilor de cooperare cu organisme/organizații/asociații naționale și internaționale, reprezentanții mediului de afaceri și cu societate civilă.
Direcția Inovare și Cooperare este compusă din două servicii:
- Serviciul Inovare, Tehnologie și Servicii Sociale;
- Serviciul Cooperare Internă și Internațională.